La provenance de cette forme de combat reste un domaine très controversé. Selon certaines sources, ses origines seraient de nature africaine, alors que d’autres penchent plutôt pour des racines brésiliennes.
Les Noirs d’Angola, par exemple, avaient conservé malgré leur exil un rite guerrier appelé « Batuque », contenant beaucoup de coups de pieds en direction des chevilles de l’adversaire pour le faire tomber. On sait aujourd’hui que la capoeira contient des inspirations de cette tradition. D’autre part, elle a aussi été influencée par la « Danse du Zèbre – N’golo », pratiquée dans le sud de l’Angola pour célébrer le passage au statut de femmes des jeunes filles. Le jeune homme qui gagne le N’golo peut directement choisir la femme qu’il désire.

D’autres sources disent que la capoeira fut inventée sur place par les esclaves africains, afin de se protéger de l’oppression portugaise. Ils l’auraient développé en la masquant habilement en une forme de danse. Jusqu’au 19e siècle, elle était ainsi partenaire de tous les combats pour la liberté, dans un pays à l’histoire tourmentée.
Le côté spectacle et rythmique camouflant la vraie capoeira encore aujourd’hui l’oeil d’un profane s’y trompe et l’interprète à première vue comme une danse au lieu d’un art martial...
Pendant très longtemps, la capoeira fut pratiquée clandestinement. Les Africains libérés de l’esclavage en 1888 sont devenus inutiles dans la société des Blancs, ainsi bons nombres d’entre eux tombèrent dans la pauvreté et non rarement dans la criminalité. Très souvent, ils se sont servis des astuces de la capoeira pour des actes de violence.
En même temps, toute forme d’expression culturelle africaine fut prohibée à partir de 1808, et à la fin de la Monarchie, les capoeiristes ont été pourchassés dans tout le pays. La capoeira est devenue un phénomène dangereux, illégal et marginal.